...

PDF: Keragaman Genetik 50 Aksesi Plasma Nutfah Kedelai

by user

on
Category: Documents
0

views

Report

Comments

Transcript

PDF: Keragaman Genetik 50 Aksesi Plasma Nutfah Kedelai
Jurnal AgroBiogen 7(2):96-105
Keragaman Genetik 50 Aksesi Plasma Nutfah Kedelai
Berdasarkan Sepuluh Penanda Mikrosatelit
Chaerani*, Nurul Hidayatun, dan Dwinita W. Utami
Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian, Jl. Tentara Pelajar 3A, Bogor 16111
Telp. (0251) 8337975; Faks. (0251) 8338820; *E-mail: [email protected]
Diajukan: 1 Maret 2011; Diterima: 25 Agustus 2011
ABSTRACT
ABSTRAK
Genetic Diversity of 50 Soybean Accessions Based on Ten
Microsatellite Markers. Chaerani, Nurul Hidayatun, and
Dwinita W. Utami. Soybean accessions in germplasm
collection have increased in number as a result of
exploration, introduction as well as development or release
of new commercial varieties. This complicates accurate and
reliable evaluation of an accession for purposes of utilization
in breeding program and discrimination of a new
commercial variety for purposes of plant variety protection.
The aims of this study were to identify the genetic diversity
of soybean germplasm to complement the existing
phenotypic database as the basis for efficient management
and accurate discrimination of commercial varieties, and to
identify potential parents for hybridizations. Fifty soybean
accessions consisting of 12 released varieties, 32 local
varieties, and 6 introductions were analyzed using
microsatellite DNA markers based on semi-automatic sizing
system. A total of 86 alleles were detected with the number
of alleles per locus ranged from 4 to 16. Rare alleles were
detected at a rate of 53% which was shown by 68% of the
genotypes. Informativeness of the microsatellite markers as
measured by the average gene diversity (D) or
polymorphism information content (PIC) was 0.60 and 0.58,
respectively. A heterozygosity level of 0.09 as detected by
seven loci was observed among 64% of the genotypes. The
average genetic distance among the genotypes was 0.56,
which indicated the relatively low polymorphism among the
analyzed soybean germplasm. Four microsatellites that
showed a high D or PIC value (over 0.75) were able to
discriminate between accession reliably. Each soybean
accession had different DNA microsatellite fingerprint which
can be used for accurate discrimination to complement the
previous conventional characterizations. UPGMA clustering
separated the 50 accessions into 10 major clusters, which
showed no clear pattern of clustering according to varietal
group or geographical origin. Genetic similarity data
identified five clusters and 15 genotypes with highest intercluster or inter-genotype genetic distances which are
potential candidates to be exploited as parents in
hybridizations for development of new commercial varieties.
Keragaman Genetik 50 Aksesi Plasma Nutfah Kedelai
Berdasarkan Sepuluh Penanda Mikrosatelit. Chaerani,
Nurul Hidayatun, dan Dwinita W. Utami. Koleksi plasma
nutfah kedelai semakin bertambah akibat hasil eksplorasi,
introduksi, maupun perakitan atau pelepasan varietas baru.
Penambahan jumlah aksesi akan semakin menyulitkan
evaluasi aksesi untuk tujuan pemanfaatan dalam program
pemuliaan dan diskriminasi varietas unggul untuk tujuan
perlindungan varietas tanaman secara akurat dan terpercaya
jika hanya berlandaskan pada karakter-karakter fenotipik.
Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman genetik
plasma nutfah kedelai untuk melengkapi pangkalan data
karakter konvensional yang sudah ada sebagai dasar
pengelolaan plasma nutfah secara efisien dan diskriminasi
varietas-varietas unggul nasional secara akurat, serta identifikasi calon tetua persilangan yang potensial. Lima puluh
aksesi kedelai yang terdiri dari 12 varietas unggul nasional,
32 varietas lokal, dan 6 aksesi introduksi dianalisis berdasarkan penanda DNA mikrosatelit menggunakan metode deteksi semi-otomatik. Sebanyak 86 alel terdeteksi dengan
jumlah alel per lokus berkisar antara 4 sampai 16. Alel-alel
jarang terdeteksi sebanyak 53% yang diperlihatkan oleh 68%
genotipe. Rata-rata nilai keinformatifan penanda mikrosatelit, yang diukur berdasarkan keragaman gen (D) atau
polymorphism information content (PIC), berturut-turut 0,60
dan 0,58. Tingkat heterosigositas sebesar 0,09 terdeteksi
oleh 7 lokus mikrosatelit dan teramati pada 64% genotipe.
Rata-rata jarak genetik antar genotipe adalah 0,56, yang
menunjukkan polimorfisme yang relatif rendah di antara
plasma nutfah kedelai yang dianalisis. Masing-masing aksesi
kedelai memiliki sidik jari DNA mikrosatelit yang berbeda
satu sama lain sehingga berguna untuk diskriminasi sebuah
varietas secara lebih akurat melengkapi data karakterisasi
secara konvensional yang sudah ada. Empat lokus dengan
nilai keinformatifan tinggi (nilai D atau PIC lebih dari 0,75)
dapat digunakan untuk membedakan antar aksesi. Analisis
UPGMA memisahkan ke-50 aksesi ke dalam 10 gerombol
utama, yang tidak terkait dengan kelompok varietas atau
asal lokasinya. Data kesamaan genetik mengidentifikasi lima
gerombol dan 15 genotipe yang berjarak genetik berjauhan
antar gerombol atau antar genotipe, sehingga potensial digunakan sebagai calon tetua persilangan dalam perakitan
varietas unggul baru.
Keywords: DNA fingerprinting, microsatellite, automatic
sizing, soybean genetic diversity, variety
identification, genetic improvement.
Hak Cipta © 2011, BB-Biogen
Kata kunci: Sidik jari DNA, mikrosatelit, deteksi otomatik,
keragaman genetik kedelai, identifikasi varietas,
perbaikan genetik.
2011
CHAERANI ET AL.: Keragaman Genetik 50 Aksesi Plasma Nutfah Kedelai
PENDAHULUAN
Plasma nutfah tanaman merupakan sumber genetik untuk perakitan varietas unggul. Karakterisasi,
evaluasi, dan pengarsipan dalam pangkalan data dilakukan untuk mempermudah pemanfaatannya dalam program pemuliaan tanaman. Kedelai dikenal sebagai salah satu komoditas pangan penting di Indonesia sehingga penelitian tentang kedelai termasuk
dalam prioritas penelitian tanaman pangan. Bank gen
plasma nutfah tanaman pangan Balai Besar Penelitian
dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya
Genetik Pertanian misalnya, memiliki 900 aksesi
plasma nutfah kedelai yang 771 di antaranya sudah didokumentasi dalam pangkalan data berikut keragaman karakter morfologinya berdasarkan 28 deskriptor
(Kurniawan et al., 2005). Jumlah koleksi ini diprediksi
akan semakin meningkat seiring dengan dilakukannya
eksplorasi secara rutin maupun introduksi. Deskripsi
yang lebih akurat dan lengkap serta pengetahuan
mendalam tentang pola keragaman genetik kedelai
berguna untuk seleksi tetua sebagai bahan material
genetik dalam program perbaikan varietas dalam
rangka pembentukan varietas kedelai komersial
(Thompson et al., 1998).
Perlindungan varietas tanaman memungkinkan
para pemulia mendapatkan proteksi varietasnya secara hukum dari eksploitasi secara komersial oleh pihak lain (Rongwen et al., 1995). Sebuah varietas dianggap baru jika menunjukkan perbedaan dengan
varietas-varietas lainnya di dalam spesies tersebut. Kebanyakan varietas kedelai komersial berasal dari persilangan antar genotipe-genotipe kedelai elit, yang mana variasi genetik antar genotipe-genotipe ini sangat
sempit. Sebagai akibatnya, varietas-varietas baru seringkali tidak dapat dibedakan berdasarkan karakter
konvensional (Diwan dan Cregan, 1997). Semakin banyak varietas baru yang didaftarkan, pembedaan
varietas-varietas baru secara morfologi dengan varietas yang telah ada akan semakin sulit dilakukan
secara morfologik. Terlebih lagi, kebanyakan deskriptor didasarkan pada karakter fenotipik yang dikendalikan oleh banyak gen, bersifat kuantitatif, dan ekspresinya sangat dipengaruhi oleh faktor-faktor lingkungan,
sehingga diperlukan uji rumah kaca dan lapang yang
ekstensif (Bredemeijer et al., 2002).
Sistem identifikasi berdasarkan penanda DNA dapat menyediakan profil unik atau sidik jari dari setiap
varietas yang sangat diperlukan dalam perlindungan
varietas bagi pemulia (Diwan dan Cregan, 1997).
Penanda mikrosatelit memiliki peluang yang sangat
baik sebagai alat identifikasi varietas karena bersifat
polimorfik sehingga lebih informatif dibandingkan de-
97
ngan penanda-penanda molekuler lainnya, di samping
itu, ketersediaannya melimpah dalam genom, diwariskan secara kodominan, serta mudah diamplifikasi
dengan teknik PCR (Diwan dan Cregan, 1997).
Pembacaan ukuran alel mikrosatelit secara semiotomatik menggunakan primer berlabel warna
fluoresens pada alat genetic analyzer, yang dikombinasi dengan analisis hasil amplifikasi PCR beberapa
primer mikrosatelit yang berbeda secara sekaligus
dalam satu reaksi (multloading), dapat meningkatkan
efisiensi, akurasi, dan kecepatan analisis keragaman
alelik mikrosatelit (Jain et al., 2004). Schuelke (2000)
memodifikasi sistem deteksi ini dengan meletakkan
label fluoresens pada primer ketiga, yaitu primer
universal M-13, dalam amplifikasi PCR untuk menekan
biaya analisis. Sistem yang dimodifikasi ini telah diadopsi oleh Chaerani et al. (2009) untuk pengembangan set panel produk-produk PCR primer mikrosatelit
(set panel multiloading) komoditas padi dan kedelai.
Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi keragaman genetik 50 aksesi plasma nutfah kedelai untuk
melengkapi pangkalan data karakter konvensional
yang sudah ada sebagai dasar pengelolaan plasma
nutfah secara efisien dan diskriminasi varietas-varietas
unggul nasional secara akurat, serta identifikasi calon
tetua persilangan yang potensial untuk perakitan varietas unggul baru. Keragaman genetik dianalisis berdasarkan 10 DNA mikrosatelit yang terletak pada 10
kromosom kedelai yang belum dipilih oleh Santoso et
al. (2006) dengan menggunakan sistem deteksi semiotomatik.
BAHAN DAN METODE
Plasma Nutfah Kedelai dan Isolasi DNA
Lima puluh aksesi plasma nutfah kedelai dipilih
secara acak dari koleksi Bank Gen Plasma Nutfah
Tanaman Pangan BB-Biogen. Ke-50 aksesi tersebut
terdiri dari 12 varietas unggul nasional, 32 varietas
lokal, dan 6 varietas introduksi (Tabel 1). Dari setiap
aksesi 10 benih ditanam dalam polybag. Tanaman dipelihara hingga umur 4 sampai 6 minggu.
DNA diisolasi dalam skala miniprep dari daundaun muda yang diperoleh dari 10 tanaman menggunakan bufer ekstraksi hexadecytrimethylammonium
bromide (CTAB) sesuai prosedur dari Lab Doyle
(Santoso et al., 2006). DNA dilarutkan dalam bufer TE
(pH 8,0) kemudian dielektroforesis pada gel agarose
0,8-1%. Setelah gel direndam dalam larutan ethidium
bromida, DNA divisualisasi dengan alat ChemiDoc XRS
(Bio-Rad) untuk dicek kualitas dan kuantitasnya.
98
JURNAL AGROBIOGEN
VOL. 7 NO. 2
Tabel 1. Daftar 50 aksesi plasma nutfah kedelai yang dianalisis.
No. No. aksesi
Nama
Kelompok varietas
Asal
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
19.
20.
21.
22.
23.
24.
25.
26.
27.
28.
29.
30.
31.
32.
33.
34.
35.
36.
37.
38.
39.
40.
41.
42.
43.
44.
45.
46.
47.
48.
49.
50.
Wilis
Lompobatang
Orba
Bromo
Burangrang
Kaba
Lokon1
Muria
Lawu
No. 291
Pangrango
Sinabung1
Bali-A
Lokal Tabanan
Davros x 945/0/0/2
F94
Lokal Bogor
Pop x Zwart. 20
17/4/20/1/0
17/9/3/8/0
GM 216 Si
GM 2782 Si
GM 2841 Si
Crb-2
Davros Lokal
Lumut
Moket
Lokal Jatim
M 2667
Lokal Tuban
M 2797
M 3109
Lokal Jember
Lokal Jember
Lokal Jember
Lokal Jember
Manalagi
Kretek Balap
Lokal Tulung Agung
Lokal Bangkalan
Lokal Sumenep
16BB
Gabil
M 2787
Avoyelles 17193
AVRDC 8310
Bon Minori
BR40
Columbus
Hampton
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Introduksi
Introduksi
Introduksi
Introduksi
Introduksi
Introduksi
Bali
Tabanan, Bali
Bogor, Jawa Barat
Bogor, Jawa Barat
Bogor, Jawa Barat
Bogor, Jawa Barat
Sukamandi, Jawa Barat
Sukamandi, Jawa Barat
Sukamandi, Jawa Barat
Sukamandi, Jawa Barat
Sukamandi, Jawa Barat
Cirebon, Jawa Barat
Garut, Jawa Barat
Tegal Gondo, Jawa Tengah
Jawa Timur
Jawa Timur
Madiun, Jawa Timur
Tuban, Jawa Timur
Blitar, Jawa Timur
Malang, Jawa Timur
Jember, Jawa Timur
Jember, Jawa Timur
Jember, Jawa Timur
Jember, Jawa Timur
Jember, Jawa Timur
Jember, Jawa Timur
Tulung Agung, Jawa Timur
Bangkalan, Jawa Timur
Sumenep, Jawa Timur
Daerah Istimewa Yogyakarta
Gunung Kidul, Daerah Istimewa Yogyakarta
Samarinda, Kalimantan Timur
Australia
Taiwan
Jepang
Brazil
Amerika Serikat
Nigeria
B-3460
B-3464
B-1343
B-4363
B-4385
B-4424
B-3463
B-4435
B-3468
B-3513
B-4116
B-4426
B-902A
B-3693
B-1340
B-467
B-4305
B-609
B-4215
B-4217
B-4340
B-4396
B-4382
B-4127
B-1630
B-3442
B-1957
B-3478
B-3592
B-3674
B-3668
B-4328
B-3649
B-3650
B-3654
B-3656
B-3488
B-3498
B-3607
B-3625
B-3623
B-1396
B-3395
B-3659
B-906
B-3956
B-1446
B-4191
B-1958
B-1731
1
Benih diperoleh dari Dr. Muchlis Adie dan Dr. Rudy Soehendi (Balitkabi), sisanya disediakan oleh Dr. Asadi
(BB-Biogen).
Primer Mikrosatelit dan Amplifikasi PCR
Sepuluh penanda mikrosatelit dipilih yang terpetakan pada lokus tunggal sehingga variasi panjang
mikrosatelit dapat dianggap sebagai alel (Tabel 2). Ke10 mikrosatelit memiliki motif pengulangan trinuleotida dengan nilai polymorphic informative content
(PIC) >0,6 (Rongwen et al., 1995; Narvel et al., 2000).
Urutan basa primer-primer mikrosatelit ini dapat di-
lihat pada http://soybean.org/resources/ssr.php. DNA
tiap aksesi diamplifikasi secara terpisah menggunakan
primer forward yang sudah ditambah dengan utasan
primer M13 sebagai adapter, primer reverse, dan
primer universal M13 berlabel fluoresens pada tiap
reaksi menggunakan prosedur seperti diuraikan dalam
Chaerani et al. (2009). Reaksi amplifikasi dilakukan
dalam volume 20 μl pada mesin PCR (Biometra T1).
2011
CHAERANI ET AL.: Keragaman Genetik 50 Aksesi Plasma Nutfah Kedelai
99
Tabel 2. Kisaran ukuran alel (pasang basa, pb), jumlah total alel, heterosigositas (H), nilai diversitas gen (D), dan nilai polymorphic information
content (PIC) dari 10 lokus mikrosatelit yang diuji pada 50 aksesi plasma nutfah kedelai.
Panel
multi-loading
1
2
3
Lokus
Label
fluoresen
Satt142
Satt143
Sct026
Satt002
Satt005
Satt063
Sct028
D2 (hitam)
D3 (hijau)
D3 (hijau)
D4 (biru)
D2 (hitam)
D3 (hijau)
D4 (biru)
Kelompok Kisaran Jumlah
Jumlah alel
pautan
ukuran
alel
umum dan
(kromosom) alel (pb)
total
ukurannya (pb)1
H (12)
B1 (19)
L (11)
D2 (17)
D1b+W (2)
B2 (14)
C2 (6)
Satt042 D2 (hitam) A1 (5)
Satt263 D3 (hijau) E (15)
Satt571 D4 (biru)
I (20)
165-172
131-139
250-292
134-164
108-183
119-165
106-161
4
4
6
13
12
7
16
1 (166)
1 (289)
1 (132)
0
0
1 (123)
0
145-194
220-265
136-176
5
8
11
1 (145)
1 (227)
1 (147)
8,6
0,7
Rata-rata
1
Jumlah alel jarang dan ukurannya
(pb)2
D
PIC
H
1 (168)
2 (250, 290)
3 (131, 135, 139)
7 (134,135, 143, 150, 152, 163, 164)
7 (108, 128, 147, 172, 180, 181, 183)
5 (119, 121, 122, 146, 152)
10 (106, 110, 127, 133, 137, 149,
151, 153, 155, 161)
1 (194)
3 (228, 264, 265)
7 (136, 145, 148, 156, 160, 163, 176)
0,53
0,24
0,38
0,86
0,83
0,38
0,89
0,48
0,23
0,36
0,85
0,82
0,36
0,89
0,00
0,04
0,00
0,06
0,03
0,04
0,02
4,6
0,60 0,58 0,09
0,52 0,49 0,44
0,58 0,56 0,00
0,78 0,75 0,24
2
Alel umum adalah alel dengan frekuensi >0,30 dari seluruh genotipe yang dianalisis, Alel jarang adalah alel dengan frekuensi <0,05 dari seluruh
genotipe yang dianalisis.
Deteksi Fragmen Mikrosatelit
Fragmen mikrosatelit dideteksi pada mesin
genetic analyzer (Beckman Coulter® CEQ-8000). Produk PCR dari setiap primer diencerkan dalam sample
loading solution (SLS, Beckman Coulter®) kemudian
dicampur dengan produk PCR dari beberapa primer
lainnya (multiloading) sesuai dengan set panel yang
telah dirancang sebelumnya (Chaerani et al., 2009).
Perbandingan campuran antar produk PCR mengikuti
prosedur yang diuraikan dalam Chaerani et al. (2009).
Genetic analyzer dijalankan menggunakan program
Frag-1 (suhu kapiler 35oC, injeksi pada 2,0 kV selama
30 detik, denaturasi pada 90oC selama 120 detik dan
separasi pada 7,5 kV selama 35 menit).
Analisis Data
Ukuran fragmen DNA diolah dengan CEQ
Fragment Analysis Software untuk pengelompokan
(binning) berdasarkan motif pengulangan mikrosatelit.
Ukuran alel dibulatkan ke bilangan bulat terdekat.
Kedelai adalah spesies menyerbuk sendiri, sehingga
seharusnya hanya ada satu alel yang terdeteksi per
lokus mikrosatelit pada tiap genotipe. Akan tetapi pada beberapa genotipe juga terdeteksi dua alel dengan
ukuran berbeda per lokus. Data hasil binning diskor
secara kodominan, di mana genotipe dengan satu alel
pada sebuah lokus diskor “2”, sedangkan genotipe
dengan dua alel berukuran berbeda diskor “1” untuk
masing-masing alel. Frekuensi alel dihitung menggunakan program PowerMarker V3.25 (Liu dan Muse,
2005). Data frekuensi alel digunakan untuk menghitung kesamaan genetik antar genotipe berdasarkan
metode Nei (1973) yang kemudian digunakan untuk
penggerombolan aksesi berdasarkan unweighted pairgroup method for arithmetic average (UPGMA). Kedua
metode perhitungan ini terdapat pada program
PowerMarker V3.25. Hubungan antar genotipe berdasarkan matriks kesamaan genetik dan pengelompokan UPGMA divisualisasi sebagai dendrogram menggunakan program TreeView 1.6.6 (http://taxonomy.
zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html). Kemampuan sebuah
lokus dalam membedakan genotipe diukur berdasarkan nilai keragaman gen atau keragaman penanda
(gene/marker diversity, D), polymorphism information
content (PIC), dan heterosigositas (H), yang juga dihitung menggunakan program PowerMarker V3.25.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Keragaman Alel Mikrosatelit
Jumlah alel
Sebanyak 86 alel terdeteksi di antara ke-50 varietas kedelai dengan jumlah yang bervariasi pada tiap
lokus, dari 4 (Satt142 dan Satt143) hingga 16 (Sct028),
dengan rata-rata 9 alel per lokus (Tabel 2). Hal ini berarti ke-10 lokus mikrosatelit yang digunakan mempunyai tingkat polimorfisme tinggi di antara kelima puluh
varietas kedelai meskipun tidak ada kerabat liar yang
dianalisis. Tingkat polimorfisme ini sebanding dengan
yang dilaporkan oleh Akkaya et al. (1992) di antara 43
genotipe varietas kedelai dan kerabat liarnya di mana
sebanyak 8 alel per lokus mikrosatelit terdeteksi.
Maughan et al. (1995) bahkan mendeteksi total 79 alel
dengan hanya menggunakan 5 lokus mikrosatelit di
antara 94 varietas kedelai dan kerabat liarnya. Karena
tingkat polimorfismenya yang tinggi, sebuah lokus
mikrosatelit akan polimorfik bahkan pada populasi hasil hibridisasi genotipe yang telah teradaptasi. Jumlah
alel total untuk tiap kelompok varietas adalah 32 untuk
varietas introduksi (n = 6), 58 untuk varietas unggul
100
JURNAL AGROBIOGEN
(n = 13), dan 66 untuk varietas lokal (n = 31). Data ini
menunjukkan bahwa dengan meningkatnya jumlah
aksesi yang dianalisis, jumlah alel juga meningkat,
seperti yang juga dilaporkan oleh Wang et al. (2005).
Perbandingan jumlah alel antar kelompok varietas
akan lebih bermakna jika tiap kelompok varietas memiliki jumlah anggota yang sama.
Kisaran ukuran alel tersempit ditunjukkan Satt142
(6 pasang basa, pb), sedangkan yang terluas ditunjukkan Satt005 (75 pb). Kisaran ukuran alel pada sebuah
lokus berkorelasi positif tetapi tidak signifikan dengan
jumlah alel pada lokus bersangkutan (r = 0,48;
P>0,05). Jain et al. (2004) juga melaporkan korelasi
positif antara kisaran ukuran alel dengan jumlah alel
yang dihasilkan sebuah lokus mikrosatelit padi.
Alel umum dan jarang
Tujuh alel (8%) dari tujuh lokus (Satt142, Satt143,
Sct026, Satt063, Satt042, Satt263, Satt571) merupakan
alel umum, yaitu yang frekuensi terdeteksinya >30%
pada semua genotipe (Tabel 2). Sebanyak 58% geno-
VOL. 7 NO. 2
tipe berbagi alel umum. Jumlah alel per lokus berkorelasi negatif tetapi signifikan dengan frekuensi alel
umum pada sebuah lokus (r = -0,93; P<0,001).
Semua lokus mikrosatelit mendeteksi alel-alel
jarang, yaitu yang frekuensi terdeteksinya <5% dari
seluruh genotipe yang dianalisis, sebanyak 46 alel atau
53% dari seluruh alel (Tabel 2). Alel-alel intermediate
(5%≤frekuensi≤30%) dan alel-alel umum mencapai
41% dari seluruh alel yang diperoleh. Sct028 menghasilkan paling banyak alel tetapi tidak satupun merupakan alel umum. Alel-alel jarang ditampilkan oleh
68% varietas (Tabel 3). Santoso et al. (2006) melaporkan sebanyak 58 alel jarang di antara ke-96 genotipe
kedelai yang dianalisisnya. Jumlah alel per lokus dan
frekuensi alel jarang berkorelasi positif dan sangat
signifikan (r = 0,94; P<0,001); kecenderungan yang sama juga dilaporkan oleh Jain et al. (2004) pada plasma
nutfah padi yang dianalisisnya.
Sebagian besar alel-alel jarang (86%) juga merupakan alel spesifik, yaitu alel yang dimiliki oleh sebuah genotipe tertentu, dan terdeteksi dengan propor1
Tabel 3. Plasma nutfah kedelai yang terdeteksi mengandung alel jarang dan spesifik (bergaris bawah) .
No. Varietas
Kelompok
Lokus mikrosatelit dan ukuran alel spesifik (pasang basa, pb)
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
19.
20.
21.
22.
23.
24.
25.
26.
27.
28.
29.
30.
31.
32.
33.
34.
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Unggul
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Lokal
Introduksi
Introduksi
Introduksi
Introduksi
Satt063 (119), Sct028 (151)
Satt005 (180), Satt063 (146)
Satt002 (164)
Satt002 (143)
Sct028 (149)
Satt142 (168), Satt143 (290), Sct026 (131), Satt005 (147), Satt063 (122), Satt571 (148)
Satt005 (183), Satt571 (163)
Satt143 (290), Satt571 (176)
Satt571 (136), Sct028 (127)
Satt571 (145), Sct028 (161)
Satt005 (172)
Satt063 (152)
Satt263 (228)
Satt005 (183), Sct028 (106)
Satt063 (146)
Sct026 (135), Satt002 (135)
Satt002 (152)
Sct028 (153)
Satt005 (181)
Sct026 (139)
Sct028 (155)
Sct028 (133)
Satt002 (134)
Satt042 (194), Satt571 (160)
Satt143 (250), Sct028 (137)
Satt263 (264), Sct028 (151)
Satt063 (121)
Satt002 (150)
Satt005 (108), Sct028 (137)
Satt002 (134)
Satt002 (163), Satt263 (265)
Sct028 (149)
Satt005 (128), Satt063 (121), Sct028 (110)
Satt571 (156)
Bromo
Burangrang
Lawu
No. 29
Pangrango
Sinabung
16BB
Bali-A
Crb-2
Davros Lokal
Davros x 945/0/0/2
F94
Gabil
GM 216 Si
GM 2782 Si
GM 2841 Si
Kretek Balap
Lokal Bogor
Lokal Bangkalan
Lokal Jember B3649
Lokal Jember B3654
Lokal Jember B3656
Lokal Sumenep
Lokal Tabanan
Lokal Tuban
Lumut
M 2667
M 2797
M 3109
17/4/20/1/0
Avoyelles 17193
AVRDC 8310
Bon Minori
BR40
1
Alel jarang adalah alel dengan frekuensi <0,05 dari seluruh genotipe yang dianalisis, sedangkan alel spesifik adalah alel jarang yang terdeteksi
hanya pada genotipe tertentu.
2011
CHAERANI ET AL.: Keragaman Genetik 50 Aksesi Plasma Nutfah Kedelai
si 43% dari total alel. Jumlah alel spesifik terbanyak terdapat pada kelompok varietas lokal (23), disusul oleh
kelompok varietas unggul (9) dan introduksi (5) (Tabel
3). Satu aksesi dapat memiliki lebih dari satu alel
spesifik dari lokus mikrosatelit berbeda. Varietas
Sinabung memiliki jumlah alel spesifik terbanyak (5)
(Tabel 3).
Adanya alel-alel jarang ini, bahkan pada varietas
unggul yang telah teradaptasi, dapat disebabkan oleh
adanya mutasi pada lokus mikrosatelit, yang diperkirakan terjadi pada laju 10-5 sampai 10-4 per generasi
(Diwan dan Cregan, 1997). Alel-alel ini dapat menjadi
penciri suatu varietas sehingga sangat berguna untuk
keperluan sidik jari varietas (Jain et al., 2004).
Genotipe-genotipe dengan alel jarang dapat menjadi
sumber keragaman genetik baru untuk pemuliaan dan
perbaikan genetik kedelai, terlebih bila alel-alel tersebut berkaitan dengan karakter agronomik penting
ataupun ketahanan terhadap cekaman biotik dan
abiotik (Narvel et al., 2000; Santoso et al., 2006).
Nilai Keinformatifan Penanda Mikrosatelit. Nilai D,
yang dihitung berdasarkan frekuensi dan jumlah alel,
berkisar antara 0,20 (Satt143) sampai 0,90 (Sct028)
dengan rata-rata 0,58 (Tabel 2). Nilai PIC tiap lokus
menunjukkan kecenderungan yang serupa tetapi lebih
rendah daripada nilai D. Rongwen et al. (1995) menyatakan bahwa D sama dengan PIC atau indeks
polimorfisme (polymorphism index) yang dimaksud
oleh beberapa peneliti lain. Nilai D maupun PIC berkorelasi positif dan signifikan dengan jumlah alel, berturut-turut dengan koefisien korelasi (r) 0,90 (P<0,001)
dan 0,92 (P<0,001). Kesepuluh lokus mikrosatelit telah
dipilih berdasarkan informasi nilai keragaman yang
tinggi (>0,60) dari penelitian sebelumnya (Rongwen et
al., 1995; Narvel et al., 2000), tetapi rata-rata nilai D
yang diperoleh pada penelitian ini lebih rendah.
Santoso et al. (2006), yang menganalisis lebih banyak
genotipe kedelai dengan menggunakan 10 lokus
mikrosatelit yang berbeda, mendapatkan tingkat keragaman penanda mikrosatelit yang lebih tinggi (D =
0,74 dan PIC = 0,70). Perbedaan nilai keragaman penanda antar penelitian-penelitian tersebut menunjukkan bahwa pilihan varietas yang dianalisis akan berpengaruh pada tinggi rendahnya nilai keragaman penanda (Bredemeijer et al., 2002).
Berdasarkan nilai D atau PIC, maka tiga penanda
mikrosatelit (Satt143, Sct026, dan Satt063) dianggap
kurang informatif. Sct028 yang memiliki nilai D atau
PIC tertinggi, yang berarti lokus ini memiliki laju mutasi
tinggi dan berpotensi tidak stabil, sulit diskor karena
hiperalelik. Namun demikian, penggunaan lokus informatif yang dikombinasikan dengan lokus yang kurang
informatif dianjurkan untuk sidik jari dan identifikasi
101
varietas tanaman (Bredemeijer et al., 2002; Jain et al.,
2004). Empat lokus dengan nilai D atau PIC tinggi
(>0,75), yaitu Sct028, Satt002, Satt005, dan Satt571, dapat digunakan untuk membedakan antar aksesi pada
set 50 aksesi yang dianalisis dalam penelitian ini. Analisis diskriminasi terhadap lebih banyak aksesi akan
memerlukan lebih banyak lokus, yang bilamana perlu
masih harus ditambah beberapa lokus lagi.
Bredemeijer et al. (2002), misalnya, menggunakan dua
lokus tambahan untuk membedakan dua varietas
tomat yang semula tidak dapat dibedakan di antara
>500 varietas komersial yang dianalisis dengan menggunakan set baku 20 mikrosatelit.
Keragaman Genotipe Kedelai
Heterosigositas
Heterosigositas (H) berkaitan dengan peluang
bahwa dua alel yang diambil secara acak dari sebuah
populasi dapat dibedakan dengan menggunakan
sebuah penanda. Tujuh lokus mikrosatelit dapat membedakan genotipe heterosigot dengan nilai H berkisar
antara 0,02 (Sct028) hingga 0,44 (Satt042; Tabel 2).
Rata-rata tingkat heterosigositas yang lebih rendah
(0,03), yang dideteksi oleh tujuh dari 10 lokus mikrosatelit yang dianalisis, dilaporkan juga oleh Santoso et
al. (2006), yaitu tiga puluh dua genotipe (64%)
heterosigot pada satu atau dua lokus. Heterosigositas
bahkan terdeteksi pada varietas unggul, seperti
Burangrang, Lawu, Lokon, Lompobatang, Muria, Orba,
Sinabung, dan Wilis, atau 16% dari se-luruh genotipe
yang dianalisis. Kelompok varietas lokal adalah yang
paling heterosigot (38% dari seluruh genotipe yang
dianalisis), sedangkan kelompok varietas introduksi
memiliki tingkat heterosigositas hanya 10%. Dua puluh
dua varietas di antara yang heterosigot ini juga
memiliki alel-alel jarang.
Heterosigositas pada kedelai masih dapat terjadi
sebagai akibat dari (i) hasil penyerbukan silang secara
alami, yang diperkirakan mencapai 0,5% pada kedelai
(Bai dan Gai, 2002 dalam Wang et al., 2005), (ii) mutasi pada lokus mikrosatelit yang diperkirakan terjadi
pada laju 2 × 10-4 atau 0,8 alel baru per pedigri apabila
menggunakan 20 lokus mikrosatelit (Diwan dan
Cregan, 1997), (iii) sisa heterosigositas (residual/
remnant heterozygosity) dari varietas yang bersangkutan (Bredemeijer et al., 2002; Jain et al., 2004), atau
(iv) heterogenitas karena tercampurnya benih secara
tidak sengaja (Bredemeijer et al., 2002; Jain et al.,
2004). Dalam penelitian ini heterosigositas tidak dapat
dibedakan dari heterogenitas karena DNA diperoleh
dari beberapa individu tanaman. Untuk menjamin
akurasi identifikasi varietas Diwan dan Cregan (1997)
menyarankan agar DNA diambil dari 30-50 individu
102
JURNAL AGROBIOGEN
tanaman yang digabung (bulked) untuk tiap varietas
sebagai prosedur baku sehingga mutasi yang terjadi
pada satu individu tanaman tidak mengubah komposisi alelik mikrosatelit dari varietas bersangkutan. Terdeteksinya alel-alel jarang, yang meskipun bernilai
tinggi sebagai penanda spesifik genotipe atau karakter
tertentu, mengisyaratkan perlunya evaluasi lebih lanjut
pada tiap-tiap individu tanaman dari satu varietas untuk mengetahui kemungkinan adanya varietas heterogenus (Bredemeijer et al., 2002; Jain et al., 2004). Jika
ditemukan heterogenitas antar individu dalam satu varietas maka diperlukan selfing beberapa generasi untuk meningkatkan homogenisitas varietas bersangkutan.
Analisis gerombol
Analisis UPGMA membagi kelima puluh genotipe
kedelai menjadi 10 gerombol utama pada tingkat
kesamaan 61% (Gambar 1). Lima gerombol di antaranya hanya terdiri dari masing-masing satu varietas
(Sinabung, Avoyelles 17193, GM 2841 Si, Bali-A, dan
Kaba). Gerombol X memiliki kepadatan genotipe tertinggi (27) dan terbagi lagi menjadi enam subgerombol. Gerombol Xd dan e beranggotakan genotipegenotipe dengan tingkat kesamaan genetik tertinggi
(83%). Gerombol IX beranggotakan delapan genotipe
yang terbagi lagi menjadi dua subgerombol. Tidak
terlihat adanya pola penggerombolan aksesi berdasarkan kelompok varietasnya, kecuali gerombol I dan VI,
subgerombol IXa, dan subgerombol Xa-c yang masingGM 2841 Si
Sinabung
Avoyelles 17193
Bon Minori
M 2667
17/9/3/8/0
Crb-2
BR40
Bromo
Pop x Zwart20
Bali-A
Kretek Balap
Lokon
Pangrango
Kaba
Davros Lokal
17/4/20/1/0
Davros x 945/0/0/2
Muria
Lokal Jember B3649
Wilis
Burangrang
Lawu
Lumut
M 2797
Gabil
16BB
Manalagi
Lokal Jember B3656
Moket
F94
Lokal Bogor
Orba
GM 216 Si
Lokal Jatim
Columbus
Lokal Jember B3654
AVRDC8310
Lokal Tulung Agung
Lompobatang
Lokal Tuban
M 2787
Hampton
Lokal Sumenep
M 3109
Lokal Jember B3650
Lokal Tabanan
No. 29
GM 2782 Si
Lokal Bangkalan
0,00
0,48
0,58
0,62
0,67
VOL. 7 NO. 2
0,85
I
II
III
IV
V
VI
VII
VIII
a
IX
b
a
b
c
d
X
e
f
1,00
Koefisien kesamaan
Gambar 1. Dendrogram hasil pengelompokan 50 aksesi plasma nutfah kedelai berdasarkan UPGMA dari profil alel 10 lokus mikrosatelit.
2011
CHAERANI ET AL.: Keragaman Genetik 50 Aksesi Plasma Nutfah Kedelai
masing beranggotakan hanya varietas lokal. Karakteristik morfologi juga tidak berkaitan dengan pengelompokan aksesi. Misalnya, genotipe bertipe semideterminate dapat berada dalam satu gerombol
dengan yang bertipe determinate, atau yang berbunga
putih juga berada satu gerombol dengan yang berbunga ungu. Di antara varietas lokal juga tidak terlihat
adanya keterkaitan antara genotipe dengan asal
daerah. Contohnya enam varietas lokal asal Jember
tersebar dalam tiga gerombol, lima varietas asal Sukamandi berada dalam empat gerombol yang berbeda,
dan empat varietas lokal asal Bogor menyebar dalam
tiga gerombol, tetapi dua varietas di antaranya (F94
dan Lokal Bogor) mempunyai tingkat kesamaan
genetik 72% dan berada dalam satu subgerombol.
Tidak adanya pola penggerombolan yang jelas ini
dapat diakibatkan oleh (i) terbatasnya aksesi plasma
nutfah kedelai dan penanda mikrosatelit yang dianalisis sehingga kurang dapat menggambarkan keragaman genetik yang ada, dan (ii) pemilihan aksesi secara
acak tidak terkait dengan karakter fenotipik tertentu.
Di India tidak adanya pola penggerombolan yang jelas
antara genotipe-genotipe kedelai dengan lokasi geografik asalnya diduga oleh Tyagi dan Sethi (2011) berkaitan dengan tekanan seleksi yang diarahkan pada
daya hasil maksimum di tiap daerah budi daya
kedelai.
Rata-rata kesamaan genetik tiap gerombol menunjukkan bahwa kesamaan genetik terjauh terlihat
antara gerombol I dengan II dan III (0,00), diikuti oleh
gerombol I dengan IV (0,05), II dengan IV (0,05), III dengan IV (0,09), dan II dengan VII (0,09) (Tabel 4). Ratarata kesamaan genetik di dalam tiap gerombol lebih
tinggi daripada antar gerombol.
Matriks kesamaan genetik antar genotipe (data
lengkap tidak diperlihatkan) menunjukkan keragaman
genetik antar genotipe yang relatif rendah dengan ratarata jarak genetik 0,56; yang menandakan sempitnya
basis genetik dari genotipe-genotipe kedelai yang dianalisis, terlebih lagi tidak ada kerabat liar yang disertakan dalam analisis. Rata-rata kesamaan genetik
103
antar genotipe di dalam kelompok varietas unggul
adalah 0,58, yang setara dengan rata-rata kesamaan
genetik antar genotipe di dalam kelompok varietas
introduksi (0,57) dan lokal (0,54). Hal ini menunjukkan
bahwa pada umumnya varietas-varietas unggul yang
ada telah dirakit menggunakan sumber genetik yang
berjarak genetik yang berdekatan.
Untuk merakit varietas unggul baru dari set genotipe yang digunakan dalam penelitian ini genotipegenotipe yang berasal dari gerombol I, II, III, IV, dan VII
ataupun genotipe-genotipe yang memiliki kesamaan
genetik rendah dapat dipertimbangkan sebagai calon
tetua persilangan. Di antara kelima puluh aksesi yang
dianalisis rata-rata kesamaan genetik terendah (data
lengkap tidak diperlihatkan) terdeteksi pada 15 genotipe, yaitu antara GM 2841 dengan Sinabung, Avoyelles
17993, M 2667, 17/9/3/8/0, Crb-2, Bromo, Lokal Tabanan, GM 2782 Si, dan Lokal Bangkalan; antara Sinabung
dengan M 2667; antara Avoyelles 17193 dengan M
2667, Lokal Jember B3649, dan GM 2782 Si; antara
M 2667 dengan Bromo, Davros Lokal, 17/4/20/1, Davros
x 945/0/0/2, dan Lokal Jember B3649; antara Lokal
Jember B3649 dengan 17/9/3/8/0, Crb-2, dan GM 2782
Si; dan antara Bromo dengan Pangrango. Persilangan
antar calon-calon tetua yang berjauhan jarak genetiknya ini akan memaksimalkan kesempatan memperoleh segregan transgresif di antara progeni persilangan
(Narvel et al., 2000) dan memperoleh pengaruh heterotik pada generasi awal (Tyagi dan Sethi, 2011) karena ada peluang bahwa genotipe-genotipe yang tidak
berhubungan akan menyumbang kombinasi alel-alel
untuk sifat-sifat yang menguntungkan. Akan tetapi
Narvel et al. (2000) mengingatkan bahwa seleksi calon
tetua persilangan hanya berdasarkan pada jarak genetik berjauhan sebagaimana terukur oleh set penanda
mikrosatelit acak bisa saja tidak meningkatkan keragaman genetik (genetic variance) pada progeni untuk fenotipe-fenotipe yang diinginkan, kecuali ada alelalel unik (alel jarang atau spesifik) yang terpaut dengan gen atau lokus-lokus pengendali sifat-sifat yang
diwariskan secara kuntitatif (quantitative trait loci,
Tabel 4. Matriks rata-rata kesamaan genetik antar dan di dalam (bergaris bawah) 10 gerombol 50 aksesi plasma nutfah.
Gerombol (n)
I (1)
II (1)
III (1)
IV (4)
V (3)
VI (1)
VII (3)
VIII (1)
IX (8)
X (27)
I
II
III
IV
V
VI
VII
VIII
IX
X
1,00
0,00
0,00
0,05
0,13
0,20
0,24
0,20
0,23
0,23
1,00
0,15
0,05
0,17
0,17
0,09
0,14
0,28
0,23
1,00
0,09
0,20
0,25
0,28
0,35
0,21
0,24
0,53
0,30
0,31
0,32
0,25
0,18
0,36
0,48
0,20
0,31
0,19
0,30
0,37
1,00
0,38
0,41
0,27
0,42
0,60
0,32
0,34
0,46
1,00
0,47
0,43
0,59
0,49
0,61
104
JURNAL AGROBIOGEN
QTL). Strategi seleksi calon tetua persilangan yang disarankan adalah dengan terlebih dahulu memilih
genotipe-genotipe berdasarkan karakteristik-karakteristik agronomik atau mutu gizi yang penting kemudian menganalisis keragaman genetiknya menggunakan penanda-penanda mikrosatelit yang berasosiasi
dengan karakter-karakter tersebut. Selanjutnya, berdasarkan profil sidik jari DNA satu subset genotipe yang
mempunyai jarak genetik terjauh diseleksi sebagai
calon tetua persilangan.
Masing-masing aksesi beridentitas sidik jari DNA
yang berbeda satu sama lain sehingga tidak ditemukan adanya duplikasi aksesi. Perluasan sidik jari DNA
mikrosatelit terhadap lebih banyak plasma nutfah kedelai berpeluang menemukan duplikasi koleksi akibat
penamaan yang berbeda antar daerah atau bahkan
memisahkan varietas-varietas yang identik secara
fenotipik. Santoso et al. (2006) berhasil mendeteksi
kesamaan genetik antara dua varietas introduksi yang
semula bernama berbeda dan sebaliknya juga mendeteksi perbedaan genetik antar dua varietas introduksi dengan nama sama.
Data profil sidik jari DNA mikrosatelit yang diperoleh pada penelitian ini dan sebelumnya (Santoso
et al., 2006) berguna untuk melengkapi pangkalan data fenotipik yang telah ada untuk pengelolaan plasma
nutfah, antara lain untuk merancang strategi pembuatan core collection. Tersedianya pangkalan data sidik
jari DNA varietas-varietas yang sudah dilepas juga akan
sangat membantu diskriminasi varietas-varietas unggul
baru. Di Eropa Barat telah dibangun pangkalan data
>500 varietas komersial tomat berdasarkan profil sidik
jari mikrosatelit menggunakan teknik dan set mikrosatelit yang telah dibakukan (Bredemeijer et al., 2002).
Berdasarkan rujukan pangkalan data ini 92% varietas
komersial tomat berhasil dibedakan dengan menggunakan 20 lokus mikrosatelit (Bredemeijer et al., 2002).
Profil sidik jari mikrosatelit telah diterima di
Amerika Serikat sebagai data pendukung untuk menyatakan keunikan sebuah varietas kedelai baru dengan menggunakan set panel primer mikrosatelit baku
(Diwan dan Cregan, 1997). Set primer baku harus memenuhi kriteria (i) memiliki tingkat keragaman genetik
tinggi, (ii) mewakili tiap kelompok pautan/kromosom,
(iii) menghasilkan pita-pita DNA yang jelas, dan (iv) sebaiknya dapat diamplifikasi secara multipleks dalam
proses PCR (multiplexing) untuk efisiensi pengerjaannya (Diwan dan Cregan, 1997). Jika penanda mikrosatelit akan rutin diaplikasikan untuk sidik jari plasma
nutfah kedelai di Indonesia, maka kesepuluh penanda
yang digunakan pada penelitian ini dan 10 penanda
lainnya yang digunakan oleh Santoso et al. (2006) per-
VOL. 7 NO. 2
lu dipadukan dan diuji kembali untuk penetapan set
panel moltiloading yang baku sekaligus untuk penentuan varietas rujukan sebagai kontrol antar running
sampel. Lokus-lokus yang dipertahankan dalam set
panel baku tersebut hendaknya yang memiliki nilai
keinformatifan >0,8 (Rongwen et al., 1995).
KESIMPULAN
Sepuluh lokus mikrosatelit yang digunakan untuk
analisis keragaman genetik 50 aksesi plasma nutfah
kedelai unggul, introduksi dan lokal bersifat polimorfik
tetapi mempunyai tingkat kemampuan diskriminasi
yang relatif rendah (D = 0,60 dan PIC = 0,58). Heterosigositas dapat dibedakan oleh tujuh lokus dengan
rata-rata nilai H = 0,09 dan terdeteksi pada 64%
varietas. Alel jarang terdeteksi pada 68% varietas dan
sebagian besar alel jarang ini juga merupakan alel spesifik sebuah genotipe. Masing-masing aksesi kedelai
memiliki profil alelik mikrosatelit yang berbeda satu
sama lain, yang berguna untuk diskriminasi varietas.
Empat lokus bernilai informatif tinggi (>0,75), yaitu
Sct028, Satt002, Satt005, dan Satt571 dapat digunakan
untuk membedakan antar aksesi pada set aksesi yang
dianalisis dalam penelitian ini. Analisis gerombol memisahkan kelima puluh aksesi ke dalam 10 gerombol
yang tidak berkaitan dengan asal geografi, kelompok
varietasnya, maupun morfologinya. Keragaman kedelai yang dianalisis termasuk rendah dengan rata-rata
kesamaan genetik 0,56. Lima gerombol aksesi dan 15
aksesi terdeteksi mempunyai kesamaan genetik rendah sehingga berpotensi digunakan sebagai tetua persilangan dalam perakitan varietas unggul baru.
UCAPAN TERIMA KASIH
Kami berterima kasih kepada Dr. Asadi dari BBBiogen, Dr. Muchlis Adie dan Dr. Rudy Soehendi dari
Balai Penelitian Tanaman Kacang-kacangan dan
Umbi-umbian (Balitkabi) atas penyediaan benih
kedelai, Ratna Utari dan Sujarno untuk penyiapan tanaman, dan Ma’sumah untuk isolasi DNA, serta kepada para penelaah atas saran-saran konstruktif untuk
perbaikan makalah ini. Penelitian didanai APBN 2007
nomor proyek 3209.0/018-09.0/XII/2007.1525.0460.A5.
DAFTAR PUSTAKA
Akkaya, M.S., A.A. Bhagwat, and P.B. Cregan. 1992. Length
polymorphism of simple sequence repeat DNA in
soybean. Genetics 132:1131-1139.
Bredemeijer, M., J. Cooke, W. Ganal, R. Peeters, P. Isaac,
Y. Noordijk, S. Rendell, J. Jackson, S. Roder, K.
Wendehake, M. Dijcks, M. Amelaine, V. Wickaert, L.
Bertrand, and B. Vosman. 2002. Construction and
2011
CHAERANI ET AL.: Keragaman Genetik 50 Aksesi Plasma Nutfah Kedelai
testing of a microsatellite containing more than 500
tomato varieties. Theor. Appl. Genet. 105:1019-1026.
Chaerani, N. Hidayatun, dan D.W. Utami. 2009. Pengembangan set multipleks penanda DNA mikrosatelit untuk
analisis variasi genetik padi dan kedelai. J. AgroBiogen
5:57-64.
105
Narvel, J.M., W. Chu, W.R. Fehr, P.B. Cregan, and R.C.
Shoemaker. 2000. Development of multiplex sets of
simple sequence repeat DNA markers covering the
soybean genome. Mol. Breed. 6:175-183.
Nei, M. 1973. Analysis of gene diversity in subdivided
populations. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 70:3321-3323.
Diwan, N. and P.B. Cregan. 1997. Automated sizing of
fluorescent-labeled simple sequence repeat (SSR)
markers to assay genetic variation in soybean. Theor.
Appl. Genet. 95:723-733.
Rongwen, J., M.S. Akkaya, A.A. Bhagwat, U. Lavi, and P.B.
Cregan. 1995. The use of microsatellite DNA markers
for soybean genotype identification. Theor. Appl. Genet.
90:43-48.
Jain, S., R.K. Jain, and S.R. McCouch. 2004. Genetic
analysis of Indian aromatic and quality rice (Oryza
sativa L.) germplasm using panels of fluorescentlylabeled microsatellite markers. Theor. Appl. Genet.
109:965-977.
Santoso, T.J., D.W. Utami, dan E.M. Septiningsih. 2006.
Analisis sidik jari DNA plasma nutfah kedelai
menggunakan markah SSR. J. AgroBiogen 2(1):1-7.
Kurniawan, H., Sutoro, M. Setyowati, T.S. Silitonga, S.G.
Budiarti, Hadiatmi, Asadi, N. Dewi, S.A. Rais, I.H.
Somantri, N. Zuraida, Minantyorini, dan T. Suhartini.
2005. Pengembangan sistem pangkalan data
(database) plasma nutfah tanaman pangan. Kumpulan
Makalah Seminar Hasil Penelitian BB-Biogen tahun
2004. hlm. 74-84.
Liu, K. and S.V. Muse. 2005. PowerMarker: integrated
analysis environment for genetic marker data.
Bioinformatics 21:2128-2129.
Maughan, P.J., M.A.S. Maroof, and R.G. Buss. 1995.
Microsatellite and amplified sequence length polymorphisms in cultivated and wild soybean. Genome
38:715-723.
Schuelke, M. 2000. An economic method for the fluorescent
labeling of PCR fragments. Nature Biotech. 18:233-234.
Thompson, J.A., R.L. Nelson, and L.O. Vodkin. 1998.
Identification of diverse soybean germplasm using
RAPD markers. Crop Sci. 38:1348-1355.
Tyagi, S.D. and J. Sethi. 2011. Genetic diversity pattern in
soybean [Glycine max L. Merrill]. Res. J. Agric. Sci.
2:288-290.
Wang, L., R. Guan, L. Zhangdong, R. Chang, and L. Qiu.
2005. Genetic diversity of classic cultivated soybean
revealed by SSR markers. Crop Sci. 46(3):1032-1038.
Fly UP